なぜ訓読みか、また、

> 清水寺のお坊さまが、仏教の公式行事でも「きよみずでら」と訓よみをしているのか、日本仏教の伝統にのっとり音よみしているのか

というご質問には答えられないのですが、

> 京都の音羽山清水寺は正式なよみも「きよみずでら」なのでしょうか。

というご質問については、私も #1の方がご回答されているとおり「きよみずでら」なのだと思います。

1つめの参考URLにある京都・清水寺貫主の森清範さんのお話によれば、「清水寺」の名を持つお寺が全国にあるそうですが、「きよみずでら」もしくは「せいすいじ」と読まれているようです。
（〈第2回 1年先と400年先〉から、「全国清水寺ネットワークの発足」の項をご覧ください。）
ちなみに、京都市内に「きよみずでら」だけでなく「せいすいじ」もあります（京都市北区真弓八幡町）。

2つめのURLは、その「全国清水寺ネットワーク」のサイトです。
国内には呉音で「しんすいじ」と読む清水寺はないのかもしれないですね。
台湾にも清水寺があるようで、その読みが気になるところですが‥‥。

また、http://www.city.kyoto.jp/kensetu/mizuf/kiyomizu2.htm にも森貫主のお話があるのですが、全国清水寺ネットワーク会議で「水の日」を4月3日に決められた理由が述べられていて、「『しみずでら』という読み方が１カ寺もない」とは触れられているものの、「しんすいじ」という読みには言及されていません。
もちろん、ネットワーク会議に参加していない清水寺がないとは言い切れないのですが。

直接の回答ではないのですが、参考になれば幸いです。

参考URL：http://www.slownet.ne.jp/members/op/int/200401index.asp,http://benkei.benkei.com/network/

投稿日時 - 2004-06-17 00:13:08