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締切り済みの質問

アクリルアミドゲル電気泳動

DGGE解析のため、アクリルアミドゲルを使ってPCR産物を電気泳動をしています。120Vの定電圧で長時間泳動していると、帯状(幅2cm位)にガラスプレートからゲルが剥離して、空気が入ったようになります。
泳動後、染色してみると、その空気の部分が染色できていなくて、真っ暗なままです。
これは何が影響でおこるのでしょう?
アクリルアミドのメーカーを変えると、剥離が起こったり起こらなかったりします。これって純度のせいですか?もしそうならば、ビスアクリルアミドも疑わなければいけなくなるんでしょうか。

電圧を下げると起こらなくなりそうな気配はあるのですが、そうなると、20時間近く泳動することになりそうです・・・
ともかく、こういった現象がなぜ起こるのか、知りたいので、よろしくお願いします。

投稿日時 - 2005-07-11 17:41:35

QNo.1506520

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回答(1)

ANo.1

考えられる原因

・ゲル板が汚れている
・脱気が不十分
・泳動中の温度が上がりすぎる

といったところでしょうか。

温度上昇の対策としては、冷却機構(冷却水のパイプ)付きの泳動層を使う、低温室で泳動するなどが考えられますね。
ただ、DGGEの場合、冷やしすぎた場合に悪影響があるかもしれません。(DGGEの経験は無いため分かりません)

投稿日時 - 2005-07-11 17:58:06

お礼

早速ありがとうございます。

ゲル板の洗浄は十分に行っているつもりです。
DGGEでの泳動条件として、60℃で泳動しています。
脱気は行ってないのですが、気泡が入る場所はいつも決まっていて、ゲルの上から5cmくらいのところです。脱気&ろ過は必須なのでしょうか。

バッファータンクには温度センサーがついているので、設定値以上の温度の上がりすぎはないと思ってます。ですが、何らかの原因で、部分的に負荷?がかかった状態なのかと勝手に想像しています。

混ぜ方とか、意外と基本的なことなのかもしれないですね。
丁寧にやってみます。
ありがとうございます。

投稿日時 - 2005-07-11 18:48:43

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