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解決済みの質問

代謝経路の有機酸の名前

CAM経路についてググっていたら,個人のサイトが多かったのでリンクは示しませんが,
たとえばリンゴ酸なら,
下記a)の書きかたが多く,一部b)もあり,c)は見なかったです.
a)は名前と英名,示性式が対応してなく,b), c)はしてます.

a)
名前;リンゴ酸
英名;Marate
示性式;-OOC-CH(OH)-CH2-COO-

b)
名前;リンゴ酸
英名;Maric acid
示性式;HOOC-CH(OH)-CH2-COOH

c)
名前;リンゴ酸イオン
英名;Marate
示性式;-OOC-CH(OH)-CH2-COO-

質問
(ア)英名,構造式(上記では示性式)と異なる名前を使うことが多いのはなぜでしょうか?
酸,陰イオンの状態に関わらず,代表して有機酸の名前を書いてるのでしょうか?
(イ)構造式に陰イオンが書かれることが多いのはなぜでしょうか?
生体を pH = 7 の水とすると,有機酸は,酸でなく,陰イオンで存在するからでしょうか?

投稿日時 - 2016-02-13 03:54:29

QNo.9127120

暇なときに回答ください

質問者が選んだベストアンサー

(ア)
中性分子・イオンを区別できないから・区別する必要がないから。
日本名・英語名も短い方が使われやすい。両方を一致させなくても
本質的に差がないから。個々の差に関係なく全体として説明。
a)で構わないし、c)は必要ない。

(イ)
陰イオンの相手は、水素イオンに限らず、ナトリウムイオンも
ありえるから。一部中和されてて pH7 付近とか説明しやすい。

投稿日時 - 2016-02-13 17:00:00

お礼

明確なお答えを頂き,ありがとうございます.
質問(ア),(イ)ともに理解できました.

質問(ア)
>両方を一致させなくても本質的に差がないから。
について,わかりました.
以下その辺に関する愚痴です.
・a) b) とも,英名と示性式(構造式)は対応してるのに,
a) は名前と示性式(構造式)が対応してないので,
違和感がありました.
「リンゴ酸」の文字列を見たとき,パッと
HOOC-CH(OH)-CH2-COO- + H2O ←→-OOC-CH(OH)-CH2-COO- + H30+, pKa2 = 5.13
が頭に浮かべば,違和感を感じないのかもしれません.
オレは浮かばなかったので不思議に思いました.
解決してもアタマに向いた言葉と思わないです.
示性式(構造式)と対応した名前を書いてくれれば,深入りしなくてもいいのになぁと思いました.

・また質問しなかったですが,代謝マップに,構造式が中性分子で書かれているものもあれば,イオンで書かれているものもあるのがありました.
最初はなぜか全く分からず,調べるうちに8割ぐらい納得する理由を思いついたのですが,明確な答えはわからず,答えを見るまで,不気味でした.
素人のために,表記を統一してくれればなぁと思いました.

投稿日時 - 2016-02-23 17:58:18

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